主要是因為 OpenWebmail 會以 /var/spool/mail 內的使用者信件檔做一個索引資料庫，並且放在 $HOME/.openwebmail 內。

而 IMAP 則是直接存取 /var/spool/mail 的內容，所以如果用 IMAP 做了刪除或搬移信件的動作，則 OpenWebmail 的索引檔就會產生錯亂，造成 在 OpenWebmail 看到的信都變成亂碼。這時在 openwebmail.log 裡就會看到類似以下的訊息:

db warning - msg <05f201c4128a$af18a030$7114e33d@matrix> in /var/mail/john index inconsistence

「比較安全」的解決方法可以開一個空的 Linux 使用者帳號，用這個空的帳號在 OpenWebmail 使用 POP3 來收取出問題的帳號的所有信件。收完之後再重新用出問題的帳號進 OpenWebmail 一樣用 POP3 再抓回來就可以了。

當然也可以直接搬移信件檔到其它地方，讓 OpenWebmail 重新索引完成後再搬回來。只是這樣雖然方便，但是一不小心把信件檔弄丟或弄壞可就不好了。